有讀者最近問我：我現在用的文獻管理軟體是什麼？是EndNote？還是Zotero？除了這兩種以外，現在又有不少選擇，像是Mendeley，PaperPile，我的選擇是什麼？
好問題，回顧一下，我確實也很久沒有再提及文獻管理軟體。目前我使用的是Zotero, 大約四年前從EndNote轉換到Zotero，因為EndNote在雲端分享上的進步太慢，沒法符合我的需求。我除了自己使用以外，還需要分享文獻與我的學生和實驗室，這點Zotero比EndNote好的多。
Zotero優點
快速儲存
與EndNote相比，Zotero的快速儲存功能，非常方便。以往用EndNote儲存文獻，你必須從圖書館網站匯出，然後再匯入EndNote，而且匯入過程中，有時候還用要filter才能成功匯入格式。
這還沒完，之後你還要再下載檔案，更改檔案名稱，然後放到EndNote裡面去。等你作完這一切，你的工作流程可能就已經被打斷了。我不確定EndNote最近的版本是否改進了這部分，不過三年前確實是這樣沒錯。
目前Zotero, Mendeley與PaperPile這些選擇，都可以讓你在瀏覽的時候，直接一鍵儲存，而且自動幫你把pdf檔下載，並放到資料夾裡，你就直接可以開始引用，工作流程不中斷。
分享
雖然分享書目，是現代書目管理系統的必備功能，但EndNote這方面就作的沒有那麼方便。Zotero可以建立多個group，你可以設定公開與私密社群，在裡面分享你們的書目，這對協同寫作有很大的幫助。
內建Proxy
由於我晚上在家裡還要寫作，Zotero可以幫助你切換到學校圖書管的EZProxy，讓你在搜尋之後，直接連結到原文，讓你的文獻搜尋過程不中斷，這對趕文章來說，是省很多時間的。
Zotero缺點
儲存空間
由於Zotero可以同步，這意味著：你必須用它的空間，不然你就要自行設定空間，才能多台裝置之間同步。
對於研究生來說，Zotero的免費儲存空間應該是足夠使用，但如果你有個400筆以上的書目，而且都有附檔的話，你的空間可能就不夠了。你就要有付費升級空間的心理準備。
同步
Zotero的同步非常方便，但我們在實際使用上，也遇過莫名其妙的同步問題，試了很久，有時候能解決，有時候不能解決。
一般而言，書目同步是沒有問題的，問題是附檔。附檔一開始同步似乎也沒有問題，但是如果之後你的附檔作了更新，比如說pdf檔案，你作了註解，標示重要部分，這時候檔案就不會同步。
在少數情況，如果群組裡面有人的空間出了問題，那可能所有的附檔同步都會失效，這點大家可以再試試。
瀏覽器速度
Zotero有這麼多好處，唯一讓我受不了的就是拖慢瀏覽器的速度。Firefox還是我主要使用的瀏覽器，Zotero在很多時候，會讓我的Firefox完全動不了，要等30秒之後，才能跳到新開的視窗。
這種情況，你可能就必須控制Firefox的tab數目，關掉不必要的add-on。另外，你也要看看：Zotero裡面，有沒有出現同步出現問題的警訊。我自己的經驗是：當出現同步問題的警訊時，Firefox死機的機率比較高，不過這沒什麼證據，只是我個人觀察而已。
可以選擇裝Zotero Standalone，Firefox的部份裝 Zotero connector的extendsion，這樣對瀏覽器效能的影響會小一點。
感謝 @Terry 的建議！
文中提到的Zotero的缺點，都有相應的免費解決方案：
1.存儲空間：【只移動更改storage文件夾，其他都不要碰，不然會出現數據庫損壞】Zotero的數據文件可以分為兩個部分，一個是存放便簽、筆記等的數據文件，一個是存放原始pdf文獻文件的附件，後者存放在Storage文件夾裡。文獻多時，Storage的體積會變得很大。解決方案是，將Zotero同步文件夾下的storage文件夾變成一個超鏈接，鏈接到另一個真實存放pdf文獻資料的文件夾。這樣，Zotero同步文件夾下的Storage文件夾就成了一個鏈接，從而同步到雲上的數據大大減小。同時，Zotero中的筆記等又可以通過該超鏈接鏈接到真實的存放文獻資料的地方。而真實存放資料的地方，可以通過dropbox等雲端進行實時更新。（dropbox一般人都有免費的2-20g左右，如果本身就是付費用戶那就更應該充分利用了）
舉例來說，我的Zoreto安裝在了C盤的program file中，數據文件存放在
C:\Users\用戶名\AppData\Roaming\Zotero\Zotero\Profiles\******.default\zotero\中，內含如下文件，其中storage是存放文獻pdf的文件夾：
我在D盤下新建一個叫做dropbox的文件夾用於存放storage中的內容，同時，該dropbox種的文件將被dropbox實時更新到雲端。
按照上述方法，需要將C盤下的storage變成類似快捷方式的鏈接，該鏈接指向D盤上的dropbox文件夾裡的需要實時更新到dropbox雲端的文件。
具體做法是（針對Win7系統）
1、 將C盤C:\Users\用戶名\AppData\Roaming\Zotero\Zotero\Profiles\******.default\zotero\中的storage文件夾“剪切”（剪切前請先備份storage文件夾）到D:\dropbox\dropbox中
2、 在C盤Windows文件夾查找cmd.exe文件，右鍵“以管理員身份運行”，之後輸入下述命令（中間均用空格分開）：
Mklink /j C:\Users\Mec\AppData\Roaming\Zotero\Zotero\Profiles\ejs4k27r.default\zotero\storage D:\dropbox\dropbox\storage
2.同步：在利用dropbox等雲盤解決了問題1的同時，也就解決了問題2，在同步時，不再選擇同步attachment files，只同步其他內容，標籤，筆記，這樣基本不會消耗網絡存儲空間，100MB免費空間完全足夠，速度也會很快，比較合理的步驟就是點擊zotero同步，然後dropbox同步，更改的pdf都會由dropbox增量同步
3.問題三之前Terry已經解答了